Hola ibelchi, vamos a ver si te echo una mano, como autor (o perpetrador) del artículo jaja
COM1 y COM2 efectivamente son los conmutadores que habilitan y deshabilitan el autofire de ambos botones, si lo pones a un lado te funciona el circuito de disparo automático, si lo pones al otro se lo salta y solo funciona la pulsación del botón. Ah! los interruptores son los botones de disparo. 
En cuanto a R5 y R6, aunque están en el esquema de la Input, yo no las incorporé al diseño precisamente por esto mismo. Se supone que son unas resistencias para que no se queme el LED, pero efectivamente, en el esquema de la Input debería decir a donde se conectan. En mi diseño lo omití porque bueno, mis conocimientos de electrónica tampoco son elevados y no supe que hacer con ello, y tampoco se exactamente que pretendía el diseño de la Input, si pretendía que se encendiera si está el circuito de autodisparo habilitado, o que se enciendiera al pulsar el botón o que...
Yo creo que voy a hacer alguna mejora en el diseño del joystick y hacer doble disparador (poniendo dos interruptores en paralelo, uno a cada lado de la palanca). En algunos juegos sobre todo en los shmup no me apaño bien con los disparos a la izquierda, así que pondré una caja más grande con botones a ambos lados para más ergonomía. También voy a tratar de diseñar desde cero la caja para imprimirla. Pero tiempo al tiempo...